-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 1
/
Copy pathindex.html
396 lines (307 loc) · 12.4 KB
/
index.html
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8"/>
<meta name="description" content=""/>
<meta name="keywords" content="" />
<meta name="author" content="carl" />
<title>Workshop: ChIP-Seq Data Analysis</title>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="html/style.css" media="screen" />
<style type="text/css">
#wrapper{
margin:0 auto;
#padding:15px 15% 8em;
text-align:left
}
#content {
max-width:70em;
width:100%;
margin:0 auto;
padding-bottom:20px;
overflow:hidden
}
.demo {
margin:1.5em 0;
padding:1.5em 1.5em 0.75em;
border:1px solid #ccc;
position:relative;
overflow:hidden
}
.post {
position:relative;
overflow:hidden
}
.collapse p {padding:0 10px 1em}
.switch {position:absolute; top:1.5em; right: 1.5em; padding:3px}
#.post .switch {position:static; text-align:right}
.post .main{margin-bottom:0; padding-bottom:0}
.other li, .summary {margin-bottom:.3em; padding:1em; border:1px solid #e8e7e8; background-color:#f8f7f8}
.other ul {list-style-type:none; text-align:center}
.expand{padding-bottom:.75em}
/* --- Links --- */
#download {
border-style:none;
background:white;
}
.expand a {
display:block;
padding:3px 10px
}
.expand a:link, .expand a:visited {
border-width:1px;
background-image:url(img/arrow-down.gif);
background-repeat:no-repeat;
background-position:98% 50%;
}
.expand a:hover, .expand a:active, .expand a:focus {
}
.expand a.open:link, .expand a.open:visited {
#border-style:solid;
#background:#eee url(img/arrow-up.gif) no-repeat 98% 50%
color:black;
}
</style>
<!--[if lte IE 6]>
<style type="text/css">
h3 a, .demo {position:relative; height:1%}
</style>
<![endif]-->
<!--[if lte IE 6]>
<script type="text/javascript">
try { document.execCommand( "BackgroundImageCache", false, true); } catch(e) {};
</script>
<![endif]-->
<!--[if !lt IE 6]><!-->
<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript" src="scripts/expand.js"></script>
<script type="text/javascript">
<!--//--><![CDATA[//><!--
$(function() {
$("#content h3.expand").toggler();
$("#content h2.expand").toggler();
$("#content div.demo").expandAll({trigger: "h3.expand", ref: "h3.expand"});
$("#content div.other").expandAll({
expTxt : "[Show]",
cllpsTxt : "[Hide]",
ref : "ul.collapse",
showMethod : "show",
hideMethod : "hide"
});
$("#content div.post").expandAll({
expTxt : "[Show tip]",
cllpsTxt : "[Hide tip]",
ref : "div.collapse",
localLinks: "p.top a"
});
});
//--><!]]>
</script>
<!--<![endif]-->
</head>
<body>
<div id="site-wrapper">
<div id="header">
<div id="top">
<div class="left" id="logo">
<a href="#"><h2 class="label label-green">Workshop: ChIP-Seq Data Analysis</h2></a>
</div>
<div class="clearer"> </div>
</div>
<div class="navigation" id="sub-nav">
<ul class="tabbed">
<li class="current-tab"><a href="index.html">Home</a></li>
<li ><a href="tutorial/01_peak_calling/peak_calling_tutorial.html">Session1:Peak calling</a></li>
<li><a href="tutorial/02_annotation/TP-ChIP-seq-Annotation.pdf">Session2:Annotation Fonctionelle</a></li>
<li><a href="tutorial/04_motif/motif_tutorial.html">Session3: Analyse de motifs</a></li>
</ul>
<div class="clearer"> </div>
<div class="clearer"> </div>
</div>
</div>
<div class="main" id="main-two-columns">
<div class="left" id="main-content">
<h2 id="contents"> Atelier ChIP-seq </h2>
<p/>
<h4>Contexte</h4>
Cet atelier a lieu dans le cadre de <a target="_blank" href="http://ecole-bioinfo-aviesan.sb-roscoff.fr/">l'Ecole de bioinformatique AVIESAN 2015, Station Biologique, Roscoff </a>.
<p/>
<!-- <h4>Flowchart général des étapes</h4>
<img class="bordered" src="tableau.jpg" alt="tableau" width="550"/>
-->
</p>
<h4>Organisation</h4>
<table>
<tr>
<th>Session</th>
<th>Date</th>
<th>De</th>
<th>A</th>
<th>Titre</th>
<th>Aspects théoriques (diapos)</th>
<th>Travaux pratiques</th>
</tr>
<tr>
<td>1</td>
<td>Mardi 29/09</td>
<td>08:30</td>
<td>12:30</td>
<td>ChIP-seq : qualité, normalisation et peak-calling.
<ul><li><a href="slides/chipseq_CarlHerrmann_Roscoff2015.odp">Diapos (.odp)</a></li>
<li><a href="slides/chipseq_CarlHerrmann_Roscoff2015.pdf">Diapos (.pdf)</a></li>
</ul>
</td>
<td>
<ol>
<li>Qualité et normalization des données de ChIP-seq</li>
<li>Introduction sur le peak-calling</li>
<li>Diversité des approches</li>
<li>les outils MACS et SICER</li>
<li>Analyse différentielle</i>
</ol>
</td>
<td>
<ol>
<!-- <li><a href="tutorial/00_read_mapping/mapping_tutorial.html">Alignement des reads, quality check</a> Etapes préalablement suivies pour obtenir les fichiers BAM (reads alignés). Pour des raisons de temps, nous ne pouvons pas faire des étapes lors de l'atelier. Nous encourageons les participants à suivre ce tutorial de manière autonome.</li> -->
<li><a href="tutorial/01_peak_calling/peak_calling_tutorial.html">Tutoriel peak Calling</a>: Visualisation des signaux, création de fichiers type 'BigWig' avec correction par l'input, peak calling avec MACS, comparaison de réplicats biologiques.</li>
</ul>
</td>
</tr>
<tr>
<td>2</td>
<td>Mardi 29/09</td>
<td>14:15</td>
<td>15:40</td>
<td>Annotation, visualisation et intégration de données ChIP-seq. <ul><li><a href="slides/ChIP-seq_annotation_MD_2015.pdf">Diapos (.odp)</a></li></ul>
</td>
<td>
<ol>
<li>Annotation génomique (gènes les plus proches, profil autour du TSS)</li>
<li>Annotation fonctionnelle (enrichissement en termes fonctionnels, GREAT)</li>
<!--<li>Intégration de données (lien ChIP-seq / RNA-seq, MedIP-seq, …)</li>-->
</ol>
</td>
<td>
<ol>
<li><a href="tutorial/02_annotation/TP-ChIP-seq-Annotation.pdf">Tutorial [PDF]</a></li>
<ol>
<li>Visualisation de l’enrichissement</li>
<li>Gènes associés aux peaks</li>
<li>Enrichissement en termes fonctionnels (GREAT)</li>
</ol>
</ol>
</td>
</tr>
<tr>
<td>3</td>
<td>Mardi 29/09</td>
<td>16:15</td>
<td>17:30</td>
<td>Détection de motifs dans les pics</td>
<td>
<ol>
<li>Découverte de motifs</li>
<li>Comparing discovered motifs with transcription factor databases.</li>
<li>Predicting binding sites</li>
</ol>
</td>
<td>
<ol>
<li><a href="tutorial/04_motif/motif_tutorial.html">Analyse de motifs dans les pics de ChIP-seq</a></li>
</ol>
</td>
</tr>
</table>
<h4>Formateurs</h4>
<ol>
<li><a target="_blank" href="http://ibios.dkfz.de/tbi/index.php/cancer-regulatory-genomics/research">Carl Herrmann</a><sup>1</sup></li>
<li><a target="_blank" href="http://www.bigre.ulb.ac.be/Users/defrance/">Matthieu Defrance</a><sup>2</sup></li>
<li><a target="_blank" href="http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/research/network-bioinformatics/dputhier">Denis Puthier</a><sup>3</sup></li>
<li><a target="_blank" href="mailto:[email protected]">Morgane Thomas-Chollier</a><sup>4</sup></li>
<li><a target="_blank" href="http://ibios.dkfz.de/tbi/index.php/cancer-regulatory-genomics/research">Stéphanie Le Gras</a><sup>5</sup></li>
<li><a target="_blank" href="http://ibios.dkfz.de/tbi/index.php/cancer-regulatory-genomics/research">Jacques van Helden</a><sup>3</sup></li>
<!-- <li><a target="_blank" href="mailto:[email protected]">Olivier Sand</a><sup></sup></li>
<li><a target="_blank" href="http://jacques.van-helden.perso.luminy.univmed.fr/">Jacques van Helden</a><sup>1</sup></li> -->
</ol>
<ul>
<ol>
<p><li>Cancer Regulatory Genomics group, Division of Theoretical Bioinformatics, DKFZ and IPMB, Universität Heidelberg,
<br>Web: <a target="_blank" href="http://ibios.dkfz.de/tbi/index.php/cancer-regulatory-genomics/research">website</a>
<br>Build. TP3 - DKFZ Heidelberg (B080) Im Neuenheimer Feld 580 D-69120 Heidelberg.
</li></p>
<p><li> Laboratory of cancer epigenetics
<br>Université; Libre de Bruxelles
<br>Faculté de Médecine CP614. Route de Lennik, 808. 1070 Bruxelles, Belgium
</li></p>
<p><li>Lab. Technological Advances for Genomics and Clinics (TAGC)
<br>Web: <a target="_blank" href="http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/">website</a>
<br>Aix-Marseille Université (AMU).
<br>INSERM Unit U1090, 163, Avenue de Luminy, 13288 MARSEILLE cedex 09. France
</li></p>
<p><li>
CSB group, Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure
<br>Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure, 46 rue d'Ulm F-75230 Paris cedex 05 . France
<br>Web: <a target='_blank' href='http://www.biologie.ens.fr/csb/'>website</a>
</li></p>
<p><li>
Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire (IGBMC).
<br>IGBMC, 1 rue Laurent Fries BP 10142 67404 Illkirch CEDEX
<br>Web: <a target='_blank' href="http://www.igbmc.fr/technologies/5/team/54/"</a>
</li></p>
</ol>
</ul>
</div>
<!-- SIDE BAR -->
<div class="right sidebar" id="sidebar">
<h5>Formateurs</h5>
<ul>
<li><a href="http://biologie.univ-mrs.fr/carlherrmann/home.html" target="_blank">Carl Herrmann</a></li>
<li><a href="https://www.researchgate.net/profile/Matthieu_Defrance" target="_blank">Matthieu Defrance</a></li>
<li><a href="http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/research/network-bioinformatics/dputhier" target="_blank">Denis Puthier</a></li>
<li><a href="http://morgane.bardiaux.fr" target="_blank">Morgane Thomas-Chollier</a></li>
<li><a href="http://morgane.bardiaux.fr" target="_blank">Stephanie Le Gras</a></li>
<li><a href="http://morgane.bardiaux.fr" target="_blank">Jacques van Helden</a></li>
</ul>
<p/>
<h5>Jeux de données</h5>
<ul>
<li>Theodorou V, Stark R, Menon S, Carroll JS <i>GATA3 acts upstream of FOXA1 in mediating ESR1 binding by shaping enhancer accessibility.</i> Genome Research, 23(1):12-22. 2013 <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23172872" target='_blank'>[Pubmed]</a>
<a href="http://genome.cshlp.org/content/23/1/12.long" target='_blank'> [Article] </a><br/>
<u>données et accession:</u><a href="html/datasets.html"> Liste complète</a><br/>
</li>
</ul>
<h5>Liste des outils</h5>
<ul>
<li><a target="_blank" href="samtools.sourceforge.net/">Samtools </a></li>
<li><a target="_blank" href="https://github.com/fidelram/deepTools">deepTools </a></li>
<li><a target="_blank" href="www.broadinstitute.org/igv/">IGV</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/">MACS </a></li>
<li><a target="_blank" href="https://github.com/taoliu/MACS/">MACS2</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/tools/intersect.html">IntersectBed (bedtools) </a></li>
<li><a target="_blank" href="http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DiffBind.html">diffBind </a></li>
<li><a target="_blank" href="https://genome.ucsc.edu/">UCSC Genome Browser</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://roscoff.rsat.fr">RSAT (Roscoff)</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://139.124.66.4/rsat/">RSAT (Marseille)</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://tagc.univ-mrs.fr/remap/">ReMAP</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://nebula.curie.fr/">Nebula makeTSSDist,AnnotatePeaks</a></li>
<li><a target="_blank" href="http://great.stanford.edu"> GREAT </a></li>
<li><a href="http://www.ebi.ac.uk/research/bertone/software" target="_blank">PeakSplitter</a></li>
</ul>
<a target="_blank" href="http://ecole-bioinfo-aviesan.sb-roscoff.fr/">
<h5>Ecole de Bioinformatique Aviesan</h5></a>
<a target="_blank" href="http://www.aviesan.fr/"><img border="0" width="120" alt="AVIESAN" src="html/img/aviesan_logo_0.png"></a>
</div>
<div class="clearer"> </div>
</div>
<div id="footer">
<div class="left" id="footer-left">
<p>© 2015 Morgane Thomas-Chollier. All rights Reserved</p>
<p class="quiet"><a href="http://templates.arcsin.se/">Website template</a> by <a href="http://arcsin.se/">Arcsin</a></p>
<div class="clearer"> </div>
</div>
<div class="right" id="footer-right">
</div>
<div class="clearer"> </div>
</div>
</div>
</body>
</html>