Update deseq2_qc.r

nf-core · Jun 16, 2021 · 8a94ebf · 8a94ebf
1 parent aa279f8
commit 8a94ebf
Showing 1 changed file with 0 additions and 5 deletions.
diff --git a/bin/deseq2_qc.r b/bin/deseq2_qc.r
@@ -110,8 +110,6 @@ assay(dds, vst_name) <- assay(rld)
 save(dds,file=DDSFile)
 saveRDS(dds, file=sub("\\.dds\\.RData$", ".rds", DDSFile))
 
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 ## PLOT QC                                    ##
@@ -209,7 +207,6 @@ write.table(cbind(sample = rownames(sampleDistMatrix), sampleDistMatrix),file=pa
             row.names=FALSE, col.names=TRUE, sep="\t", quote=FALSE)
 dev.off()
 
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 ## SAVE SIZE FACTORS                          ##
@@ -231,7 +228,6 @@ for (name in names(sizeFactors(dds))) {
     write(as.numeric(sizeFactors(dds)[name]), file=sizeFactorFile)
 }
 
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 ## R SESSION INFO                             ##
@@ -245,7 +241,6 @@ a <- sessionInfo()
 print(a)
 sink()
 
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